四平遼河農墾管理區，是在2000年農墾企業改制后經過省、市、區三級政府詳細研究、綜合分析決定產生的。管理區是經四平市委、市政府研究決定，于2000年6月12日經省人民政府開發區辦公室批準成立的。根據吉林省吉開函字2號和四平市委、市政府四發15號文件規定   ，管理區隸屬于四平市，設一級財政， 建縣級金庫，行使縣級行政、經濟、社會管理職權，享受省級經濟開發區必要的政策，是吉林省農墾企業改革的試點單位。   2001 年 3 月1 日，四平市機構編制委員會辦公室下發《關于四平遼河農墾管理區內設機構的通知》，2004 年 3 月 11 日，四平市機構編制委員會下發《關于遼河農墾管理區調整機構和人員的批復》。   根據省編委《關于四平遼河經濟開發區管理委員會機構設置的批復》、四平市人民政府辦公室《關于印發四平遼河經濟開發區管理委員會主要職責內設機構和人員編制規定的通知》，四平市委、市政府向遼河派出了派出機構--遼河經濟開發區，與管理區合署辦公。   根據2016年6月6日《四平日報》報道，經省政府同意，省經合局下發《關于將四平遼河農墾管理區納入省級開發區管理序列的通知》，同意四平遼河農墾管理區享受省級開發區的相應權限及優惠政策，時間從2016年4月21日算起，納入省級開發區管理序列。   根據《關于關停“四平遼河農墾管理區政府網站”的通告》：遼河農墾管理區管委會進行體制改革，已經不具備縣級黨委、政府職能，部分相關職能已經劃歸梨樹縣管理。